里地里山は、森林や水田、ため池、というように多様な環境が入り交じった場所です。また、森林が宅地になったり、水田が放棄されて草地になったりと、人間の利用次第で短期間でも環境が大きく変わることもあります。このような複雑な場所の生態系の変化をとらえるため、モニ1000里地調査では8項目^※にわたる総合的な調査項目を用意しています。
調査項目には、植物や鳥類などの生物調査や、植生や土地の利用のあり方から人間活動をとらえる調査も用意しています。また、ホタルやカヤネズミといった「指標生物」のモニタリング調査を通じて、水辺と森のつながりや、森林や草原の手入れの程度など、里地里山に特徴的な要素の状態をとらえます。
なお、全ての調査は市民参加による調査を想定していますので、特別な技術や知識がなくても簡単で効率的に調査が実施できるような手法にデザインされています。

※ 2022年度をもって水環境調査の全国調査は終了しました。